Nestas escavações levadas a cabo pelo Setor de Arqueologia, Património e Museus da Câmara Municipal de Alcácer do Sal, foram até agora encontrados “achados de grande valor para a história de Alcácer e do monumento.”

Segundo o município de Alcácer do Sal “devido à necessidade da intervenção do piso da Capela do Tesouro, procedeu-se à escavação na íntegra do interior da mesma. O resultado das escavações têm revolucionado todo o conhecimento sobre a Capela.”

É também acrescentado que “o ritual funerário e o espólio encontrado confirmam o uso como panteão da Ordem de Santiago, isto é, a inumação selecionada de mestres e altos responsáveis da Ordem. A existência de enterramentos decapitados e sem ambas as mãos, assim como outros exibindo graves lesões traumáticas, sugerem a participação destes monges guerreiros em ambiente de conflito (como batalhas contra os muçulmanos).”

Ainda de acordo com a autarquia há dois enterramentos que se destacam, "um deles tinha consigo, quando inumado, cinco moedas de reis (D. Dinis, D. Afonso III e D. Afonso Henriques) em diferentes locais do esqueleto. Há a destacar uma moeda de D. Afonso Henriques, colocada na zona do tórax (coração). Pelo número de moedas, monarcas representados e pela simbologia que encerra a sua deposição como objetos votivos, é inédito em contexto português."

O segundo enterramento "que se destaca data, no máximo, do séc. XIII, e pertencerá a um indivíduo que terá sido inumado em caixão (algo raro na época) calçado com duas esporas. Estas, pela decoração extraordinária (com baixos-relevos vegetalistas) consistem num par completo, em liga de bronze, e também com representações de animais. Se dúvidas houvesse de estarmos perante um distinto cavaleiro, também o esqueleto exibe alterações típicas desta classe distinta, eventualmente integrante das cruzadas."

Estas escavações, que ainda não estão concluídas, permitiram, segundo a Câmara Municipal de Alcácer do Sal, obter “dados inéditos que parecem reescrever não só a história de Alcácer, mas também o início da história de Portugal, da Ordem militar de Santiago e dos cavaleiros medievais.”

O santuário do Senhor dos Mártires contempla um conjunto de capelas que datam do séc. XIII ao séc. XVIII, todas sendo monumentos classificados. Foi ali que a Ordem de Santiago construiu o seu panteão, na Capela do Tesouro (séc. XIII). Mais tarde (1333) constroem a Capela dos Mestres, local onde são enterrados pelo menos quatro mestres da Ordem. A Capela do Tesouro continua como panteão, mas nunca se soube ao certo quem foi enterrado naquele espaço.